Mario, Luigi, Daisy, Peach, Toad, Toadette, les Yoshis et Carottin sont invités par le prince Florian dans le Royaume des Fleurs, contrée proche du Royaume Champignon. Le prince Florian leur montre une fleur très spéciale et très puissante qui préserve l'harmonie dans son royaume mais Bowser voit les choses autrement et utilise le pouvoir de la fleur pour fusionner avec le château du monarque et se transforme en Fort Bowser après l'avoir touché. Mario et ses amis doivent donc partir à la recherche de Bowser et ses sbires dans plusieurs niveaux afin de ramasser des Graines Prodiges qui annulent les effets de la fleur.