Dans un Hyrule où Link a disparu, la princesse Zelda est l'héroïne d'une aventure dont l'écho retentira à travers les âges. De mystérieuses failles se sont ouvertes aux quatre coins d'Hyrule, engloutissant des objets et des personnes, dont Link ! Il revient maintenant à Zelda de sauver son peuple et le jeune héros !