Dans un futur lointain... Des envahisseurs venus d'un autre monde attaquent sans crier gare, déchaînant une nouvelle menace : des armes dévastatrices, connues sous le nom de « formes de vie mécaniques ». Confrontée à cette menace insurmontable, l'Humanité est contrainte de fuir la Terre pour se réfugier sur la Lune. Vous incarnerez 2B, membre de la nouvelle escouade androïde YoRHA, et vous plongerez dans un combat acharné pour reprendre le contrôle de la planète.